巨大的經費從何而來？1人年薪115萬元，20人就是兩三千萬元。雖然不是所有的教師都能享受如此高薪，但普通正副教授的年薪恐怕也要幾十萬元吧。假如人均年薪50萬元，1000名教師的年薪就是5億元。香港科大的高薪是以高學費作支撐的。要知道，香港科大人均年學費高達4萬多元，是內地公辦高校的10倍左右。在內地，根本不可能按照香港科大那樣的標準收費，那么南方科大拿什么來維持教師的高薪呢？難道依靠國家的撥款嗎？
更重要的是如何選才。年薪超過百萬，肯定門庭若市。而學術水平往往沒有公認的標準，你認為某人水平很高，換個人也可能會認為某人水平很低。雖然南方科大應該會成為一個評價機構，但這個機構能否公正地評判呢？依目前的國情，權力、金錢的干擾是難免的，南方科大抵御得了嗎？比如深圳市有關領導或主管部門的負責人“推薦”了幾名教授，南方科大是不是能一口回絕呢？——別忘了：深圳市政府是南方科大的“老板”，很多事情也都需要主管部門的審批……
行政化是目前內地高校存在的最大的問題之一，因為是公辦性質，學校的很多方面都受到行政權力的制肘。而香港科大等世界絕大多數名牌大學都是私立的，教學、科研以及管理等所有的事務都擁有自主權，而且學術自由、機制靈活、監管到位。作為一所公辦的高校，如果沒有強有力的體制保障，南方科大要“向香港知名大學看齊”恐怕仍有很長的路要走。
